โดยแผนงานบูรณาการการวิจัยและนวัตกรรมฯ "การแก้ปัญหาและพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ และสร้างนวัตกรรมในการขับเคลื่อนเศรษฐกิจและสังคมที่นาไปสู่การสร้างความเข้าใจ แนวทางสันติสุข การแสวงหาทางออกจากความขัดแย้ง และความมั่นคง อย่างยั่งยืน" มี ผศ.ดร.กุสุมา กูใหญ่ และ ผศ.ดร.ศรีสมภพ จิตร์ภิรมย์ศรี เป็นผู้อำนวยการและผู้ประสานงานฯ ประกอบไปด้วย 9 โครงการย่อย ดังนี้

1. การวิเคราะห์ความเป็นไปได้ทางเศรษฐกิจในการพัฒนาอำเภอเบตง จังหวัดยะลา ให้เป็นแหล่งท่องเที่ยวเชิงสุขภาพ โดย ดร.ชาคร ประพรหม

2. โครงการเพื่อพัฒนาและเสริมสร้างศักยภาพการท่องเที่ยวเชิงวัฒนธรรมในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนใต้(ปัตตานี ยะลาและ นราธิวาส) ในการรองรับการเปิดเสรีประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน(AEC) โดย อ.วาสนา คงขันธ์ และคณะ

3. สมรรถนะการตลาดและการสื่อสารการตลาดโรงแรมในการท่องเที่ยววิถีอิสลามในจังหวัดท่องเที่ยวภาคใต้เพื่อรองรับนักท่องเที่ยวมุสลิมทั้งในและต่างประเทศ โดย ดร.กฤษดี  พ่วงรอด

4. การพัฒนาการคิดเชิงสมานฉันท์ของผู้เรียนในพื้นที่จังหวัดชายแดนใต้ โดย ดร.ธีระยุทธ รัชชะ และคณะ

5. การพัฒนารูปแบบการยกระดับผลการจัดการเรียนรู้ในโรงเรียนขยายโอกาส : กรณีศึกษานวัตกรรมการศึกษาชั้นเรียน (Lesson Study) และวิธีการแบบเปิด (Open Approach) โดย ดร.รัชดา เชาวน์เสฏฐกุล

6. ชุมชนเยียวยาจิตใจผู้เสียหาย/ผู้ได้รับผลกระทบจากเหตุการณ์ความไม่สงบด้วยกระบวนการประยุกต์ศาสตร์สมอง โดย ผศ.ดร.ปรียา แก้วพิมล และคณะ

7. บทบาทภาคประชาสังคมกับการสร้างสันติภาพในบริบทอาเซียน กรณีศึกษาประเทศฟิลิปปินส์ อินโดนีเซีย และไทย โดย ดร.ฆายนีย์ ช.บุญพันธ์

8. การวิจัยและพัฒนา เยียวยา สมานฉันท์ และสร้างสรรค์ชุมชนสุขภาวะชายแดนใต้ โดย รศ.ดร.ซุกรี หะยีสาแม และคณะ

9. ศิลปะเพื่อสันติภาพสำหรับเยาวชนสามจังหวัดชายแดนใต้ โดย อ.รุซณี  ซูสารอ